Η ιδέα να διοργανωθεί ένα νέο ραλλύ γεννήθηκε πριν από περισσότερα από 11 χρόνια όταν ο Silver Kütt, συνοδηγός με συμμετοχή σε επτά ραλλύ WRC, παρουσίασε την ιδέα του στον καλό του φίλο, πρώην οδηγό του WRC, Urmo Aava. Αφού μοιράστηκε την ιδέα με τον «εγκέφαλο του μάρκετινγκ» Tarmo Hõbe, ο οποίος ονόμασε το νέο ραλλύ «Rally Estonia», έγιναν τα πρώτα βήματα. 

Η ιδέα που φαινόταν για πρώτη φορά απίστευτη το 2009, γιγαντώθηκε χρόνο με το χρόνο και τώρα το Ραλλύ Εσθονίας αποτελεί μέρος του WRC. Το πρώτο Ραλλύ Εσθονίας πραγματοποιήθηκε το 2010 και ο πρώτος νικητής του ράλι ήταν ο τοπικός ήρωας Markko Märtin, ο οποίος έχει κερδίσει πέντε αγώνες ραλλύ του Παγκοσμίου Πρωταθλήματος στην καριέρα του στο WRC. Ο πρώτος δύο φορές νικητής της διοργάνωσης ήταν ο Mads Østberg, που ήταν και νικητής του αγώνα WRC Πορτογαλίας 2012, ο οποίος ήταν ταχύτερος στο Ραλλύ Εσθονίας τα έτη 2011 και 2012.

Το υψηλό ανταγωνιστικό επίπεδο με τη βοήθεια και τη συμβολή των Märtin, Østberg και της οικογένειας Latvala ανέβασε τον πήχη ψηλά για τους διοργανωτές. Από το 2014 έως το 2016 το Ραλλύ Εσθονίας ήταν μέρος του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος Ραλλύ (ERC) και το 2014 ψηφίστηκε ως το καλύτερο ραλλύ ERC της χρονιάς. 
Εκτός από τα τοπικά αστέρια, το Ραλλύ Εσθονίας έχει καλωσορίσει πολλούς κορυφαίους οδηγούς ραλλύ στον κόσμο όλα αυτά τα χρόνια, όπως τους οδηγούς WRC Thierry Neuville, Esapekka Lappi, Jari-Matti Latvala, Teemu Suninen, Craig Breen, Hayden Paddon, Yazeed Al-Rajhi, Martin Prokop, Toni Gardemeister. και οι πρωταθλητές του ERC Alexey Lukyanuk και Kajetan Kajetanowicz και τον ανερχόμενο νεαρό Oliver Solberg που κέρδισε την κατηγορία R5 πέρυσι. 

Από το 2018 έως το 2020, στον αγώνα κυριαρχούσαν οι τοπικοί μας ήρωες και οι Παγκόσμιοι Πρωταθλητές Ραλλύ του 2019 Ott Tänak και Martin Järveoja, αλλά το 2021 ο Kalle Rovanperä κέρδισε και έγραψε ιστορία, ως ο νεότερος νικητής αγώνα στην ιστορία του WRC.